Urodził się 20.12.1913 roku w Rybarzowicach pow. Bielsko-Biała. Rodzicami byli Maciej i Anna z domu Gluza. W 1934 roku otrzymał świadectwo dojrzałości w Państwowym Gimnazjum im. Adama Asnyka w Bielsku-Białej. Do Towarzystwa Chrystusowego wstąpił 09.09.1934 roku i 28.09.1934 roku rozpoczął nowicjat w Potulicach. W Potulicach też składał profesje: pierwszą 29.09.1935 roku, drugą 29.09.1936 roku i dozgonną 29.09.1938 roku.
Studia filozoficzne odbył w Gnieźnie (1.10.1935–30.06.1937), teologiczne rozpoczął w Poznaniu i z powodu wybuchu II wojny światowej ukończył w Krakowie dopiero w 1940 roku u oo. kapucynów. Święcenia kapłańskie przyjął z rąk ks. bpa Stanisława Rosponda w Krakowie w dniu 22.07.1940 roku.
W okresie 1940-41 pracował jako wikariusz w parafii Wilkowice, diecezja krakowska. W dniu 22.2.1941 roku został aresztowany i wywieziony do obozu koncentracyjnego - początkowo do Oświęcimia, a następnie do Dachau, gdzie przebywał do 30.04.1945 roku. Po uwolnieniu pozostał w Niemczech i pracował jako duszpasterz emigracyjny. W dniu 23.10.1967 r. poprosił o zwolnienie z Towarzystwa Chrystusowego. Dekret zwolnienia i przeniesienia do Archidiecezji Krakowskiej podpisał Kard. Stefan Wyszyński w dniu 30.04.1969 roku.
Ks. Jan Kubica zmarł 26.10.1970 r. w Essen. Ciało zostało przewiezione do Polski i złożone w grobie w rodzinnej miejscowości w Rybarzowicach.