Urodził się 12.05.1910 r. w Przeworsku koło Jarosławia. Rodzicami byli Jan i Zofia z domu Uberman. Ukończył Państwowe Gimnazjum Klasyczne w Jarosławiu i 14.08.1934 roku wstąpił do Towarzystwa Chrystusowego w Potulicach.
Nowicjat rozpoczął w Potulicach 28.09.1934 roku. Pierwszą profesję składał 29.09.1935 r., drugą 29.09.1936 r. i dozgonną 11.01.1938 roku. Studia rozpoczął 01.10.1930 r. w Przemyślu, ukończył w czerwcu 1936 r. w Poznaniu. Święcenia kapłańskie otrzymał z rąk ks. bp. Walentego Dymka 11.06.1938 r. w Poznaniu.
Od 16.12.1938 r. do 25.07.1945 r. pracował jako duszpasterz Polaków – górników w Kivioli w Estonii. Do Polski powrócił 11.08.1945 r. i przez miesiąc był administratorem parafii koło Leszna Wlkp., potem został skierowany do Kamienia Pomorskiego w diecezji gorzowskiej (5.10.1945-01.01.1946). Był tam pierwszym po wojnie proboszczem.
Następnie był administratorem parafii w Płotach (01.01.1946-01.10.1946), potem w Gryficach (01.10.1946-16.10.1952). Aresztowany 16.10.1946 r. za przekonania i osadzony w więzieniu w Szczecinie, został zwolniony 21.07.1953 r. po zdecydowanej interwencji mieszkańców miasta. W Gryficach pozostał jednak krótko, gdyż przymusowo osiedlony w Pyrzycach, administrował w tamtejszej parafii od 21.07.1953 do 01.07.1969 roku. Następnie otrzymał nominację na substytuta parafii i od 23.01.1970 r. administratora parafii Bożnowice.
W Gryficach przez dwie kadencje pełnił obowiązki Przełożonego Domu potem był Ekonomem Domu (06.07.1963-01.07.1969). W Gryficach także pełnił obowiązki dziekana od 24.03.1957 r. do 01.07.1969 roku.
Ks. Stanisław Rut zmarł podczas rekolekcji kapłańskich w Poznaniu w dniu 24.06.1972 r. i zgodnie z ostatnią wolą został przewieziony do Gryfic i tam pochowany. Jego pamięć uczcili mieszkańcy i Rada Miasta nazwaniem jednej z ulic nazwiskiem Ks. Stanisława Ruta oraz pamiątkowymi tablicami.