Zespół Pomocy Kościelnej dla Katolików na Wschodzie przy KEP istnieje już od 1989 roku. Stosownie do wskazań 238. Konferencji Plenarnej Episkopatu Polski kard. Józef Glemp dekretem nr 3743/89 z dnia 30 grudnia 1989 roku powołał Zespół Pomocy Kościelnej dla katolików w ZSRR. Jego przewodniczącym mianował bp. Jerzego Dąbrowskiego, a zastępcą Sekretarza Episkopatu Polski. Członkami Zespołu prymas mianował: ks. Stanisława Kuraciłskiego SAC i ks. Edwarda Michalskiego SChr. Zespół miał przede wszystkim koordynować pomoc podejmowaną przez poszczególne diecezje i zgromadzenia zakonne, a także organizować pomoc personalną oraz rzeczową (np. szaty i naczynia liturgiczne, książki religijne).
W latach 1991 – 2000 ofiarnie służył Bogu i Kościołowi katolickiemu na Wschodzie bp Ryszard Karpiński, biskup pomocniczy diecezji lubelskiej, który na podstawie decyzji 245. Konferencji Biskupów Diecezjalnych zebranych w Warszawie 28 lutego 1991 roku otrzymał od kard. Józefa Glempa, prymasa Polski, nominację na przewodniczącego Zespołu Pomocy Kościelnej dla Katolików w Związku Radzieckim. Nadto stosownie do wskazań Konferencji Episkopatu Polski i w porozumieniu z przełożonym Towarzystwa Chrystusowego dla Polonii Zagranicznej, kard. Józef Glemp mianował ks. Wiesława Wójcika SChr, członkiem Zespołu Pomocy Kościelnej dla Katolików w ZSRR (dekret nr 3102/91/P z dnia 15 października 1991).
W roku 1992 dokonano zmiany w nazwie tej kościelnej organizacji. Ksiądz Andrzej Franciszek Dziuba z Sekretariatu Prymasa Polski pismem nr 724/92/P z dnia 5 marca 1992 roku, poinformował bp. Ryszarda Karpińskiego, że prymas Polski kard. Józef Glemp wyraził zgodę, by dotychczasowa organizacja mogła się nazywać: Zespół Pomocy Kościelnej dla Katolików na Wschodzie. Na miejsce ks. Wiesława Wójcika SChr po niemal dziesięciu latach jego pracy w Zespole, za zgodą przełożonych zakonnych, został wyznaczony ks. Józef Kubicki SChr, który otrzymał nominację od kard. Józefa Glempa (dekret nr 4313/00/P z dnia 22 grudnia 2000 roku). Tak, więc od 31 stycznia 2001 roku biurem Zespołu przy Sekretariacie Konferencji Episkopatu Polski kierował ks. dr Józef Kubicki SChr aż do tragicznej śmierci 16 maja 2011 roku.
Na Zebraniu Plenarnym Konferencji Episkopatu Polski, która odbyło się na Jasnej Górze 25 sierpnia 2001 roku powołano Radę Programową, w skład której weszli jako jej przewodniczący bp Tadeusz Pikus z archidiecezji warszawskiej oraz bp Edward Janiak z archidiecezji wrocławskiej i bp Jacek Jezierski z archidiecezji warmińskiej. Ten fakt wskazuje, że Zespół został odłączony od bezpośredniego wpływu Komisji Episkopatu ds. Misji, ponieważ jego działalność w Kościele katolickim na Wschodzie nie ma charakteru misyjnego, lecz stanowi pomoc odradzającemu się Kościołowi katolickiemu na Wschodzie. Zespół opracował Regulamin, który został przyjęty i zatwierdzony przez 338. Zebranie Plenarne Konferencji Episkopatu Polski w dniu 13 marca 2007 roku. Według Regulaminu nazwa Zespołu uległa zmianie na: Zespół Pomocy Kościołowi na Wschodzie, jego przewodniczącym został bp Tadeusz Pikus, a w skład weszli nowo wybrani członkowie księża biskupi: Tadeusz Bronakowski (biskup pomocniczy diecezji łomżyńskiej) i Marian Rojek (biskup pomocniczy archidiecezji przemyskiej). W czerwcu 2011 roku, po tragicznej śmierci ks. Józefa Kubickiego SChr, funkcję dyrektora biura Zespołu objął ks. Leszek Kryża SChr. Po 10 latach służby, swoją misję zakończył ks. biskup Tadeusz Pikus a nowym przewodniczącym został bp Antoni Pacyfik Dydycz, ówczesny ordynariusz diecezji drohiczyńskiej.
Aktualnie w skład Zespołu Pomocy Kościołowi na Wschodzie przy Sekretariacie Konferencji Episkopatu Polski wchodzą: bp Antoni Pacyfik Dydycz jako przewodniczący oraz księża biskupi: Tadeusz Bronakowski (biskup pomocniczy diecezji łomżyńskiej) i Marian Rojek (ordynariusz diecezji zamojsko-lubaczowskiej) oraz ks. Leszek Kryża SChr pełniący funkcję dyrektora biura Zespołu.
